I-2866、農家住宅の用途変更（滋賀県）

農家住宅の用途変更
滋賀県大津市の市街化調整区域の土地（８６０㎡）と建物（計４つ）を相続し、不動産会社が売却を進めていたのですが、役所の開発課で建築概要書を取り寄せ、今回の問題が発生しました。
建物は母屋が１つ、住居用離れが１つ、蔵が1つ、納屋が1つです。
住居用の離れ以外は、建築年は昭和39年なので、転売は自由かと思うのですが、問題は比較的新しい建物１つと、今は取壊しして存在しない事務所にしていた建物です。この建物を納屋で申請していたので、農家住宅扱いになっており、もう存在しないこの建物をどうしたものか悩んでいます。
当該建物は、法務局の建物登記もちゃんとされておらず、表題変更届でやっと最近正しい登記が出来ました。宜しくお願いします。
　
建築家の所在地について:
建築家の所在地にはこだわらない