S-399、柱脚アンカーの施行ミスについて（東京都）

現在、新築工事中です。

基礎が出来き上がってから図面とアンカーの位置を確認している際に、
柱脚アンカーの位置が一箇所間違って打っていることに現場監督が気付きました。

その後、現場監督から正しい位置に穴をあけてケミカルアンカーにより処置したと
報告を受けました。
その処理に関して調べると、新築工事でケミカルアンカーによる施工を、
国土交通省が認めていないことを知り、ＨＭに対して基礎のやり直しをお願いしました。

ＨＭ側は国土交通省で認めていないと認識した上で、会社として責任を持って
保証すると言っています。
また、第２案として、ケミカルアンカー処置した柱脚アンカーを切断して、
その箇所の壁を耐力壁せずとも耐震等級３は取れるとも言っています。

ＨＭ側は、第２案による対応で進めたいとのことですが、当方は
・ケミカルアンカーの問題に加えて、基礎の仕上がりが良くないこと
・柱脚アンカーの場所にケミカルアンカーで処置したことによる引き抜き体力が出ないこと
・ケミカルアンカーで処置したことで、その箇所に既に埋め込まれている鉄筋が破損していないか心配であること
・第２案で進行しても、新築において使用してはならない建築材料を使用しているので、基礎の強度に不安がある
　また、設計時の耐力壁がなくなることで品質が劣ること

このような点から、当方は基礎のやり直しを希望しているのですが、先方とは意見が平行線おり、
当方の希望は、本当に厳しいでしょうか。

合意に至らない場合は、ＨＭ側は第三者をたてて話し合うことも提案してきていますので、
ＨＭ側の案で進めるか。お互いに第三者をたてて話し合うべきかという点に関して
ご教授を頂きたく、よろしくお願い致します。