S-400、窓枠交換（埼玉県）

現在新築中です。
先日サッシの間違いが発覚しました。（オペレーターハンドル式のはずが、すべり出しに）
やり直していただける事になったのですが、ちょっと気になる事があったので質問させていただきます。
現在、外壁のパワーボードが貼り終わってて、塗装はまだです。
窓枠ごとの交換になると思うので、パワーボードを一旦取り、サッシ屋さんの作業後、また付ける事になると思うのですが、そうする事でパワーボードのビスの緩みや、防水面等々…建物に問題は起こりませんか？